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生信分析-Meta分析-基础实验

生信修炼手册

记录自己在生信工作中的点滴积累,将自己的想法和观点和大家分享。内容来源于实践,干货满满!
3dsnp:SNP在染色质环介导的调控网络中的分布数据库-医学SCI科研之家

3dsnp:SNP在染色质环介导的调控网络中的分布数据库

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欢迎关注”生信修炼手册”! 在全基因组范围内的SNP位点中,位于编码基因上的SNP位点只是非常小的一部分,绝大部分都是位于非编码区。通过ENCODE, Roadmap等项目,得到了SNP位点与基因组各种元件的位置关系,然而仅仅通过位置分布来...

使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据-医学SCI科研之家

使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

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欢迎关注”生信修炼手册”! 可视化是数据分析中非常重要的一个环节,对于NGS分析数据的可视化,最常用的就是各种基因组浏览器了,既有UCSC, GBrowse等基于web的基因组浏览器,也有igvtools等本地化的图形界面软件。对于Hi-C...

3CDB:基于3C技术的染色质互作信息数据库-医学SCI科研之家

3CDB:基于3C技术的染色质互作信息数据库

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欢迎关注”生信修炼手册”! 3CDB是一个染色质空间互作的数据库,根据特定的关键词从pubmed数据库中进行文献检索,查找基于3C技术研究染色质互作的文献,并从中提取染色质互作信息,对应的文章链接如下 https://www.ncbi.nl...

使用TADbit识别拓扑关联结构域-医学SCI科研之家

使用TADbit识别拓扑关联结构域

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欢迎关注”生信修炼手册”! TADbit是一个hi-c数据分析的软件,提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能,对应的文章链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5540...

使用FitHiC评估染色质交互作用的显著性-医学SCI科研之家

使用FitHiC评估染色质交互作用的显著性

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欢迎关注”生信修炼手册”! 通过Hi-C技术可以得到全基因组范围内的染色质交互信息, 在不同的分辨率下,首先得到bin之间的交互矩阵contact matrix, 通过热图的形式来展示该交互矩阵,即得到了contact map。在完整的co...

Hi-C Data Browser:Hi-C数据浏览器-医学SCI科研之家

Hi-C Data Browser:Hi-C数据浏览器

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欢迎关注”生信修炼手册”! Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技术研究了人淋巴母细胞的三维结构,首次提出了A/B compartment的概念,文章发表在science上,标题如下 Comprehensive Mapping o...

HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用-医学SCI科研之家

HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

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欢迎关注”生信修炼手册”! HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用,参考UCSC基因组浏览器和juicebox中数据的展示形式,运用D3.js等流行的可视化框架对数据进行展示,基于web技术提升了用户的交互体验,缺点就是需要搭建...

4D nucleome project:染色质三维结构研究必不可少的参考项目-医学SCI科研之家

4D nucleome project:染色质三维结构研究必不可少的参考项目

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欢迎关注”生信修炼手册”! 通过ENCODE等一系列大型的国际化项目,科学家对于对于人和小鼠基因组中的基因结构,调控元件有了深入认知,识别到了许多的基因调控关系,然而对于其调控的具体机制仍然缺乏充分了解。 随着三维基因组学的发展,发现了染色...

使用WashU Epigenome Browser可视化hi-c数据-医学SCI科研之家

使用WashU Epigenome Browser可视化hi-c数据

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欢迎关注”生信修炼手册”! Washu Epigenome Browser是一款基因组浏览器,相比UCSC等基因组浏览器,其不仅能够展示RNA_seq, chip_seq等二维信息,还可以展示Hi-C等三维基因组学数据分析结果,网址如下 h...

4DGenome:染色质相互作用数据库-医学SCI科研之家

4DGenome:染色质相互作用数据库

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欢迎关注”生信修炼手册”! 4DGenome是一个染色质相互作用数据库,采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用,收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录,网址如下 https://4dgenome.research.chop...

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