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NAR|OrthoVenn:比较基因组和比较转录组利器

OrthoVenn:用于跨多个物种的全基因组范围的直系同源基因家族的比较和注释的网站。


直系同源基因家族的全基因组分析是比较基因组学或者可以说是比较转录组学研究的重要组成部分。识别直系同源基因家族之间的一致性可以使我们能够阐明蛋白质在多个物种中的功能和进化。在这里,我们发布了一个名为OrthoVenn的网络平台,这对于全基因组直系同源家族的比较和可视化是有用的。 OrthoVenn提供了脊椎动物,后生动物,原生生物,真菌,植物和细菌的直系同源家族的比较,还支持用户自定义的物种上传相应的蛋白质序列进行相应的分析。作为OrthoVenn结果的一部分,显示了一个互动的维恩图,总结物种之间共有的聚类的数目,并进行相应的Cluster注释。此外,OrthoVenn可以识别单拷贝基因,并允许通过关键字或BLAST搜索特定Cluster。 OrthoVenn是一个高效和用户友好的网络服务器,可以在http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/OrthoVenn使用。


下面小编具体介绍一下:


进入上述网址后,点击Start,进入如下页面:


Input: Choose Species for Your Analysis


1. 最多选用6个物种进行分析。

2. 参数选择. 两个参数,一个是做比对用的  E-value,另一个用于产生直系同源  clusters的Inflation 值。

3. 开始注释. 点击 submit按钮提交任务 ,任务完成后页面会自动更新。也可输入邮箱,任务完成后会将结果页面发送邮箱。一般对于植物和脊椎动物需要1~3h,其他物种30min


Outut: Venn Diagram and Clusters Annotation


1. 对输入数据进行图表展示,同时可以对输出图颜色进行修改,也可以输出矢量图如pdf。


2. 点击上述Veen图中数字,将会展示有交集的区域的Cluster信息。


注意:OrthoVenn使用Uniprot 进行clusters注释. 对于细菌,由于数据量较大,所以仅使用 Swiss- Prot(为uniprot中经过人工注释的序列)进行注释。


在上图右上角,有 GO 富集的表格,进入下图:



3. 点击Cluster的链接,相应的注释信息会出现,包括 protein cluster network and protein cluster relationships.


4. 用户可以使用指定的基因ID等检索Cluster信息。.


5. 点击single-copy gene cluster 附近的数字可以获得选择的物种的单拷贝基因。

参考文献

Wang Y, Colemanderr D, Chen G, et al. OrthoVenn: a web server for genome wide comparison and annotation of orthologous clusters across multiple species[J]. Nucleic Acids Research, 2015, 43(W1):W78.

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