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circos 可视化手册-scatter plot 篇

plots这个block 中,支持许多的图表类型,scatter plot是最常用的一种。用法如下:

关于file文件的内容,在之前的文章中已经详细介绍过。r0r1定义圆环的位置,maxmin定义y轴的最小值和最大值,剩余的几个参数控制散点的外观。

glyph表示点的形状,circle代表圆形,triangle代表三角形,rectangle代表矩形;glyph_size控制点的大小;fill_color控制点的填充色,stroke_color控制边框的颜色。

关于scatter plot, 在软件的安装目录下,有对应的默认配置

etc/tracks/scatter.conf

oritenation表示方向,in表示从r0到r1, out表示从r1到r0

plot中,可以插入backgrounds, axes, rules3种block

1. backgrounds

用法如下:

backgrounds 定义背景色,每个定义一个区域的背景色,这个区域由y0y1定义。

plot中, maxmin分别定义了y轴的最大值和最小值,这里的y0y1对应的就是y轴的值;y0代表起始位置,y1代表终止位置;如果只指定了y0y1中的一个,需要参考邻近区域和max,min的值作出判断

在上图的第一个background中,只指定了y0 = 0.006,从其他结果background的设置可以推测出,此时的y1 = max;

上面的例子中,根据y轴的值划分了3个区域,定义了3种不同 的背景色

  1. min到0.002,背景色为vvlred

  2. 0.002到0.006,背景色为vlgrey

  3. 0.006到max, 背景色为vvlgreen

2. axes

用法如下:

axes定义y轴的刻度线,由多个axis构成。和backgrounds 一样,根据y0y1定义区域,spacing定义刻度线的间隔。

刻度线的外观由thicknesscolor两个参数控制,thickness 控制线条的粗细程度,color控制线条的颜色。

3. rules

用法如下:

rules代表规则,由多个rule构成;在每个rule中,conditioon设置规则,var(value) > 0.006 表示 y轴的值大于0.006,当满足这个条件时,执行rule中的其他语句,下面的示例中,调整了value > 0.006的点的外观。

最后看一个实例

这张图中,除了染色体的圆环外,还有3圈圆环,每一个圆环都是一张scatter plot, 而且都设置了背景色和刻度线。

结合整幅图的结构和散点图的用法,理解下面的配置文件就非常简单了

<<include colors_fonts_patterns.conf>>  <<include ideogram.conf>> <<include ticks.conf>>  <image> <<include etc/image.conf>> </image>  karyotype   = data/karyotype/karyotype.human.txt  chromosomes_units = 1000000 chromosomes       = hs1;hs2;hs3 chromosomes_display_default = no  ################################################################ #  # define 3 scatter plots, using the same data file #  <plots>  # all are scatter plots  type             = scatter stroke_thickness = 1  # first plot shows all points and selectively formats points at small/large # y-axis values to be red/green and triangles/rectangles  <plot>  file             = data/6/snp.density.txt fill_color       = grey stroke_color     = black glyph            = circle glyph_size       = 10  max   = 0.013 min   = 0 r1    = 0.95r r0    = 0.65r  # optional y0/y1 values (absolute or relative) in <background> blocks # define the start/end limits of background color # # y0 = 0.006 # y0 = 0.75r  <backgrounds> <background> color     = vvlgreen y0        = 0.006 </background> <background> color     = vlgrey y1        = 0.006 y0        = 0.002 </background> <background> color     = vvlred y1        = 0.002 </background> </backgrounds>  <axes> <axis> color     = lgreen thickness = 1 spacing   = 0.05r y0        = 0.006 </axis> <axis> color     = dgreen thickness = 2 spacing   = 0.1r y0        = 0.006 </axis>  <axis> color     = lgrey thickness = 1 spacing   = 0.05r y1        = 0.006 y0        = 0.002 </axis> <axis> color     = dgrey thickness = 2 spacing   = 0.1r y1        = 0.006 y0        = 0.002 </axis>  <axis> color     = lred thickness = 1 spacing   = 0.05r y1        = 0.002 </axis>  <axis> color     = dred thickness = 2 spacing   = 0.1r y1        = 0.002 </axis>  </axes>  <rules>  <rule> condition    = var(value) > 0.006 stroke_color = dgreen fill_color   = green glyph        = rectangle glyph_size   = 8 </rule>  <rule> condition    = var(value) < 0.002 stroke_color = dred fill_color   = red glyph        = triangle </rule>  </rules>  </plot>  # the second plot is a crop of the first plot, placed outside # the ideogram circle, showing only points with large y-values  <plot>  file             = data/6/snp.density.txt fill_color       = green stroke_color     = dgreen glyph            = rectangle glyph_size       = 8  max   = 0.013 min   = 0.007 r1    = 1.175r r0    = 1.075r  <backgrounds> # you can stack backgrounds by using transparent color <background> color     = vlgreen_a4 y0        = 0.75r </background> <background> color     = vlgreen_a4 y0        = 0.5r </background> <background> color     = vlgreen_a4 y0        = 0.25r </background> <background> color     = vlgreen_a4 </background> </backgrounds>  <axes> <axis> color     = green_a3 thickness = 2 spacing   = 0.1r </axis> </axes>  <rules>  <rule> condition    = var(value) < 0.007 show         = no </rule>  </rules>  </plot>  # the third plot is a crop of the first plot, placed closer to the # center of the circle, showing only points with small y-values  <plot>  file             = data/6/snp.density.txt fill_color       = red stroke_color     = dred glyph            = rectangle glyph_size       = 8  max   = 0.0015 min   = 0.000 r1    = 0.60r r0    = 0.35r  <backgrounds> <background> color     = vlred_a4 y1        = 0.25r </background> <background> color     = vlred_a4 y1        = 0.5r </background> <background> color     = vlred_a4 y1        = 0.75r </background> <background> color     = vlred_a4 </background> </backgrounds>  <axes> <axis> color     = red_a5 thickness = 1 spacing   = 0.025r </axis> <axis> color     = red_a3 thickness = 2 spacing   = 0.1r </axis> </axes>  <rules> <rule> condition    = var(value) > 0.002 show         = no </rule> </rules>  </plot>  </plots>  <<include etc/housekeeping.conf>>

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