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介绍一个来自全球最壕高校的数据库……

对大家来说,看文献做科研必不可少的一个重要步骤,通过看文献我们可以找到很多新的思路,对于发文章和设计课题那都是极好的。当然,大家用的最多的还是pubmed,今天就介绍一个已经帮大家整理好的文献的神器:DES-ncRNA。(网址:http://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php)

这个网站是全球最壕的学校——阿卜杜拉国王科技大学(King Abdullah University of Science & Technology,简称KAUST)的研究团队和中科院北京基因组研究所的章张教授在2017年4月份发表在RNA biology杂志上的文章介绍的。

章张教授

(DES-ncRNA: A knowledgebase for exploring information about human micro and long noncodingRNAs based on literature-mining(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28387604)


关于阿卜杜拉国王科技大学,我们划一下重点:


  1. 2009年9月23日, 阿卜杜拉国王科技大学举行开幕典礼,宣告学校正式成立;

  2. 2009年11月,校长施春风一行与中国科学院常务副院长白春礼在北京会见,并与中科院签署了合作备忘录

  3. 阿卜杜拉国王科技大学占地面积逾3600万平方米,阿卜杜拉国王已经向大学捐款100亿美元

  4. 世界大学学术排名(ARWU) 2016年 201-300位,教职员工论文引用率 2015年和2016年都是第一

  5. KAUST 是世界上录取率最低的高校之一,每年从10000~12000名申请者中遴选出200-250名来自11个相关专业方向的学生;

  6. KAUST为有意向就读于该校的优秀学生设置了全额奖学金,资助在该校学习期间的费用:博士生每年约9万美元,硕士生约7万美元(数据来源:百度)

    听说大家每个月涨了250块大洋,可喜可贺,恭喜恭喜!)


学校的灯塔夜景


学生公寓


图书馆


学校的高尔夫球场


好了,不刺激大家了,感兴趣的同学可以单击文末“”阅读原文“,知乎有分享:

在阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)就读是一种怎样的体验?,大家平复一下心情,下面我们开始说网站。




DES-ncRNA网站有个功能很好用:基于文献提假说。


我们可以考虑一下:假如有5篇文章发现:基因A调控细胞增殖,有8篇文章报道细胞增殖与血管瘤有关,那这篇文章的作用就是把这种A可能参与血管瘤发病的关系给梳理出来,即:基于A和B的因果关系(文献报道)以及B和C的因果关系(文献报道),推出A和C的因果关系(新假说)。下面我们看具体的例子:

在主页里面选择红框中的Explore Hypothesis

我们看看关键词有哪些选项:

比如,我们想看看是否有转录因子对lncRNAMALAT进行调控,就可以分别选择human transcription factors 和human long non coding RNAs,并在输入框中输入MALAT1,在前面的文章数量中分别输入3,1和1:

接下来我们要看的是这些转录因子与MALAT1的研究是否有文章报导,单击关心的转录因子前面的test:

可以看到有9篇文章,具体的文章情况我们可以单击数字查看。


网站的另外一个功能是查某个关键词的相关研究热点,我们接着上面的说,右键单击MALAT1,选择Network:

在弹出来的界面里面选择设置节点数量、节点类型:

这里我们主要看基因和相关通路,所以节点相应选择:

选好后单击提交就好了:

图片可改变布局、导出:

数字表示相关文章的数量,数字越大,证据性越强。




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