生信分析、meta分析、数据挖掘
TCGA、GEO、SEER、Oncomine

懒人怎么做肿瘤病人的生存分析?

大家一直让介绍怎么用TCGA的数据来做预后分析,作为一个懒到不想学R语言的人,小张总想找一些简单的网站用。上次我们以前介绍过一个网站CRN来查各种数据库(GEO、TCGA)等中的lncRNA和mRNA表达结果((工具篇)S5E35:如何在不懂生信的前提下挖掘别人的数据?):

网址:http://syslab4.nchu.edu.tw/


没有看过的赶快去看吧。


今天我们再来介绍一个网站OncoLnchttp://www.oncolnc.org/


主页极其简单,直接要求你输入基因名字,这里的名字既包括:mRNA,microRNA和lncRNA一共有27697个分子,


比如microRNA:


比如lncRNA:


总之直接输入基因名字检索就行了,这里我们输入条lncRNA UCA1

提交后等一下,出来的结果如下:


从上面的结果里面我们看到这个对UCA1这个分子做了Cox 回归,至于什么是Cox回归我是不懂的,我只看懂几个:Cancer是肿瘤类型,Cox Coefficient是回归系数还有就是P值,看结果这三个肿瘤PAADPancreatic adenocarcinoma),LUADLung adenocarcinoma)和LAMLAcute Myeloid Leukemia)的P值小于0.05,而且PAAD最小,那就在最后的Plot Kaplan列单击Yes,Please,结果跳出下面这个框来:


我们在lower percentile中输入10,在upper percentile中输入90,点击提交就好了:


图可以导出PDF格式,下面是具体的数据,数据可以导出excel格式:



这个软件microRNA数据也可以:


最后说明下这里的数据来源于TCGA。


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