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懒人神器教你如何细胞计数,告别血平板和计数器

上一回,我们讲了如何用ImageJ计算细胞划痕面积,有很多同学后台留言,问各种应用,例如细胞计数,免疫组化结果统计,transwell ,流式细胞周期统计以及凋亡相关实验应用等,本仙将为大家一一解锁。

数细胞就像数星星


今天我们就来细致的学习一下:ImageJ之细胞自动计数

为什么要讲这个细胞计数呢?因为不想如下这样啊,眼都花了!!!

看着上面漂亮的细胞荧光图,有没有心动,这些图我们该如何计算细胞呢?

Image J细胞计数,简直就是懒人神器,简单5步走,细胞计数就是这样简单,告别肉眼苦计,告别计数器,科学又快速。

 

以下图为例:

 

1、导入图片:File→open:打开要测量的荧光图

2、转换图片格式:Image→Type→8-bit (调成灰度图片,此步骤非常重要,必须转换)

3、调节图像阈值,选择定计数对象:Image→Adjust→Threshold

a勾选框1中的黑色背景(如果待计数图像为白色背景则不需要勾选),计数图像变为下图:

 

b 将框2中参数选为红色,即:Default→Red

c 适当调节框3中的滚动条,细胞显示红色即为选中的计数对象

PS:一般默认即可,如果有干扰可在默认值的基础上左右微调,余下步骤还会对计数对象进行筛选

d 点击框4应用:Apply, 图像变为下图:

 

4、分开黏连细胞:Process→Binary→Watershed


PS:此处图示不如在电脑上明显,加上此步骤后会提高计数准确度        

 

5、结果分析:Analyze→Analyze Particles


 

框1中的参数与待计数的细胞大小有关,可自己摸索设置,本例10X物镜拍摄,设置成150-Infinity时,边缘未过半的细胞将不被计数;

将框2中Display Results、Summarize以及Add to Manager打钩

将框3中Show值参数改为Outlines

最后点击OK

 

6、结果出来啦:

左上图蓝黑色圆点即为计数的细胞,右上为计数细胞示意图,上图红色框内的数值即为我们测得的细胞总数。

 

PS:在第5步中,如果框1参数设置过小,某些非细胞物质以及图片边缘只漏出丁点痕迹的细胞也会被计数;相反如果参数设置过大,很多细胞将会被漏数。

此时可采取:

a 关掉结果示意图及上述“Results”以及“Summary”,如下图所示:


b 清除计数结果:Analyze →Clear Results

c 点击计数图片,计数图片将自动恢复至第4步,即白底黑点图:

d 再回到第5步重新设置其框1中的数值,重新计数。

 

本文分享完了,你学会了吗?

 

软件下载地址:

链接:http://pan.baidu.com/s/1o83LiEQ 密码:2ojb

 

Image J的其他懒人功能等待本仙一个一个解锁吧!

 

相关阅读:


参考文献:

  • Circular Non-Coding RNA HIPK3 Mediates Retinal Vascular Dysfunction in Diabetes Mellitus[J]. Circulation, 2017

  • Perfluorocarbon nanoparticles enhance reactive oxygen levels and tumour growth inhibition in photodynamic therapy. Nature Communications, 2015

 

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