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UCSC xena 浏览器才是最简单的TCGA数据下载途径

不知道为什么总是有人问我TCGA数据下载这么简单的问题,这问题简单到如何下载人类的hg19.fa这个参考基因组一下,就是http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz 这么简单的一个链接,放在浏览器下载个把小时或者几分钟即可。

那,为什么TCGA的数据下载会有那么多人询问呢?无法就是按照癌症区分了一下,几十种而已,再就是按照数据类型区分一下,就6种数据而已。我在论坛也写过 关于TCGA数据下载,我能说的就是这些了 ,里面推荐了8种方便的方式来下载TCGA数据,但既然这么多人问,我就再啰嗦一句,如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是UCSC xena 浏览器啦!!!
网站;https://xenabrowser.net/datapages/  

全部根据癌症种类整理好了,直接点击链接即可下载。

同时也提供相应的可视化工具:https://xenabrowser.net/heatmap/ 点击进入任何一个癌症数据:

数据排列的整整齐齐,进入就是直接的下载链接,没什么好说的,当然,如果你懂url,就明白,这些链接是有规律的。所以你没必要进入页面一个个下载了,只需要按照规律来构建好下载url即可。

看规律

  1. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz

  2. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz

  3. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz

  4. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.GDC_phenotype.tsv.gz

  5. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-ACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.mirna.tsv.gz

  6. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-BRCA/Xena_Matrices/TCGA-BRCA.mirna.tsv.gz

看规律

如果你跟着我学习了那么久,却连个规律都看不清楚,不会写代码把所有的url地址拿到,我觉得你可能悟性太差或者敷衍了事,你需要反思,真的还能在生物信息学这条路走下去吗?

看规律

可以看到,就是表达量文件稍微大一点而已,几分钟就下载好了。

癌症种类列表如下:


GDC TCGA Acute Myeloid Leukemia (LAML)

GDC TCGA Adrenocortical Cancer (ACC)

GDC TCGA Bile Duct Cancer (CHOL)

GDC TCGA Bladder Cancer (BLCA)

GDC TCGA Breast Cancer (BRCA)

GDC TCGA Cervical Cancer (CESC)

GDC TCGA Colon Cancer (COAD)

GDC TCGA Endometrioid Cancer (UCEC)

GDC TCGA Esophageal Cancer (ESCA)

GDC TCGA Glioblastoma (GBM)

GDC TCGA Head and Neck Cancer (HNSC)

GDC TCGA Kidney Chromophobe (KICH)

GDC TCGA Kidney Clear Cell Carcinoma (KIRC)

GDC TCGA Kidney Papillary Cell Carcinoma (KIRP)

GDC TCGA Large B-cell Lymphoma (DLBC)

GDC TCGA Liver Cancer (LIHC)

GDC TCGA Lower Grade Glioma (LGG)

GDC TCGA Lung Adenocarcinoma (LUAD)

GDC TCGA Lung Squamous Cell Carcinoma (LUSC)

GDC TCGA Melanoma (SKCM)

GDC TCGA Mesothelioma (MESO)

GDC TCGA Ocular melanomas (UVM)

GDC TCGA Ovarian Cancer (OV)

GDC TCGA Pancreatic Cancer (PAAD)

GDC TCGA Pheochromocytoma & Paraganglioma (PCPG)

GDC TCGA Prostate Cancer (PRAD)

GDC TCGA Rectal Cancer (READ)

GDC TCGA Sarcoma (SARC)

GDC TCGA Stomach Cancer (STAD)

GDC TCGA Testicular Cancer (TGCT)

GDC TCGA Thymoma (THYM)

GDC TCGA Thyroid Cancer (THCA)

GDC TCGA Uterine Carcinosarcoma (UCS)





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