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为什么选择linux系统?

在我们下载生信软件的时候,经常会看到三个平台版本的下载链接,有windowslinuxmac三个版本。windows平台版本是大家最常用的版本,另一部分小众的mac用户会下载软件的mac版本,对于一般的用户来说,最不可能下载的是linux版本,但是linux版本却是最稳定、性能最高的版本,为什么这么说?

首先,mac虽然系统稳定,但其产业链封闭,价格高昂但是硬件相对低配,可扩展性很低,如果处理较大的数据并不能通过提高硬件来缩减运行时间。如果我们组建了一个双路CPU36核搭配128G内存的服务器,我们有两个平台可以选择,windowslinuxwindows偏向图形化操作,虽然卡顿的情况暂且可以用固态硬盘缓解,但是我们都遇到过在使用windows时软件莫名的卡死、关闭的情况,如果一个跑了两天的软件就这么莫名其妙的卡死了,就问我们有没有理由不生气?反观linux,系统稳定,开源软件众多,部分版本也有图形化界面(不建议使用图形化界面),是对于中、大型测序数据处理的最好选择。

如何选择硬件?

之前笔者写过一篇Windows玩够了?试试用VMware虚拟机安装Linux的文章,讲述了如何在windows 上用VMware安装ubuntu的方法,并在后面提及了一些linux发型版本。这里面有个最大的问题就是,虚拟机模拟安装的linux执行效率比较低,容易卡顿,即便是安装在固态硬盘上也会有操作延迟感,并不适合处理稍大的程序。所以我们如何在一台电脑上安装linux单系统以及安装后如何简单的配置是一个很实用的话题。

要安装linux,首先得谈谈硬件配置。对于主机来说,最主要的三个硬件是CPU,内存和硬盘。按重要性来说,内存>CPU >硬盘,生信的很多程序都是单核运行的,如果没强求多程序运行的话一般家用电脑的双核四线程足以应付。家用电脑的一般内存配置约在4G或者8G左右,但是如果数据量稍大很多程序对内存的要求要大于这个量级,所以内存是必须要扩充的,其重要性大于CPU。一般硬盘1T就可以满足一个项目的要求,占满了可以拷出来,所以硬盘在这三者里重要性最低。当然,还有个硬件叫显卡,但是对生信处理来说没什么用,可以忽略。

上一段可以得出一个结论,那就是家用的普通主机也完全可以作为小型服务器使用,前提是要花点钱升级下内存条。鉴于现在内存条比年前价格翻了一倍,所以保守点内存升到16G也是可以的。当然,有钱的升级内存条越大越好。除了普通的家用机外,就是比较贵的专业服务器了,这些服务器也是IT公司必备的服务器,最常用的牌子是dell

感觉写的有些啰嗦,可能年纪大了吧。

差钱的,去某宝和某东选个至强的主机,几千块钱很便宜,但是其硬件的质量不一定可靠,很多是公司淘汰下来的硬件,如果不放心就买品牌机的主机,这里还有个坑就是不要买太新的CPU,不然有一定的几率安装的linux版本没有相关的CPU驱动导致系统不稳定。如果课题组给报销或者不差钱的,可以选择专业的服务器,稳定,而且支持多路CPU、大容量内存和磁盘阵列,是处理中、大型数据的首选。手头上已有台式机或者笔记本而且不想花钱的,那就凑活着用吧。

为什么选择centos?

linux系统安装的方法有很多,有光盘、U盘以及部分linux版本支持windows下面安装器直接安装。这里我使用的是大家手头都有的U盘进行安装。安装的linux版本是centos,至于为什么选择centos,这里我跟大家啰嗦下。

之前Windows玩够了?试试用VMware虚拟机安装Linux这篇文章的最后也提了下几个流行的发型版本,Deepin国内的操作系统,界面漂亮,但是不够稳定,偏娱乐。Red Hat Enterprise Linuxrhel)是IT企业最常用的系统,特点是稳定,需要收费,有官方技术支持,缺点就是要收费,当然免费的也可以用,但是yum被限制使用,再当然yum也可以破解限制,但是比较麻烦。ubuntu是比较流行的一个版本了,界面和稳定性都可以,自带的软件管理工具是apt,优于yum。笔者当初初学的系统是rhel,后来安装上unbuntu后总感觉操作起来有那么一丢丢不流畅, 再加上ubuntu自带的桌面不是很喜欢,所以笔者干脆放弃了ubunturhel还有个克隆版就是centoscentos相对于rhel的缺点就是官方补丁会比rhel晚一天,优点是完全免费。笔者选择centos的原因就在这了,免费,稳定,流行(出了buggoogle解决方案)。

总结一下本篇的内容:我们需要一个linux系统,如何选择硬件以及用U盘安装哪个版本的linux。这就是本系列的上篇内容,中篇会教大家如何刻录U盘、家用机centos安装以及dell服务器的centos安装,下篇会讲述安装完成后的几个重要的系统配置、yum的使用以及依赖库的安装。

为什么这个系列要分成上、中、下三部分?因为笔者喜欢《指环王》。

为什么起了一个吸引眼球的标题?因为要点击率指标。

为什么写的这么啰嗦?因为笔者是92年手捧保温杯的中年人。

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