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转录组之BodyMap

BODYMAP:是关于人和老鼠基因表达信息的数据库,基因表达数据来自于不同组织、不同细胞以及不同时刻。通过分析这些数据,可以初步掌握基因活性,了解组织中mRNA的组成。如果你对这个数据库感兴趣,那就google吧,结果你看到的将会是这样一幅场景:婴儿,小说,fashion label…….继续往下找,终于找到一篇文献【BodyMap: a human and mouse gene expression database,链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC102396/】,发表日期:2000年,what ??? 好在文献里面提到官网是:http://bodymap.ims.u‐tokyo.ac.jp 和 http://bodymap.jp/ 两个,But 年代久远,都打不开啦?那就先浏览下文献介绍吧!

数据库的构建

数据库建于1993年,数据来源于日本大阪大学(Osaka University)构建的无偏cDNA文库的3’端EST序列,截止到2000年包含有大于270 000 条来源于60个人和38只老鼠组织的序列。BodyMap是首次致力于去鉴定人和老鼠的基因和基因表达信息。数据库的构建是通过开头为GATC的引物序列去扩增3′ 定向cDNA文库,并按照以下标准进行筛选和去冗余:

  • 大于5% 的Ns,开始不是GATC,或者有多个GATC的序列去掉;

  • 在50bp的重叠区域有 大于90% 的相似性;

  • 70%的EST序列长度是载体序列或核糖体序列;

新提交的序列用FASTA进行序列比对,50bp重叠区域大于95%相似性的将被认为是相同的tag而进行聚类;

数据库的使用

  • Composition of mRNA

  • Expression patterns of genes

  • Select genes by expression patterns

但是官网都打不开,也看不到结果 (┬_┬)

还是不甘心,继续 google ……….终于的终于找到了一个能打开的小鼠 bodymap 网页了看介绍Illumina HiSeq 2000平台产生的数据,来源于320个小鼠个体,10个不同组织和4个发育阶段。数据还是很全面的,大家对小鼠基因表达感兴趣的可以去深入查阅。


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