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功能数据库专题-GO数据库

简介发展和工作形式术语形式数据格式GO注释(有福利)GO分析相关工具汇总生信菜鸟团博客相关资源

简介

官网:http://www.geneontology.org/

GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库,旨在建立一个适用于各种物种的,堆积因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。它是多种生物本体语言中的一种,提供了三层结构的系统定义方式,用于描述基因产物的功能。目前,GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用,使得这些数据库在查询时具有很高的一致性。这种定义语言具有多重结构,因此在各种程度上都能进行查询。例如GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物,也可以进一步找到各种生物的受体酪氨酸激酶。这种结构允许在各种水平添加对此基因产物特性的认识。

发展和工作形式

 GO发展了具有三级结构的标准语言(ontologies),根据基因产物的相关分子功能,生物学途径,细胞学组件而给予定义,无物种相关性。三种本体论的内容:

  • 分子功能本体论:基因产物个体的功能,如与碳水化合物结合或ATP水解酶活性等;

  • 生物学途径本体论:分子功能的有序组合,达成更广的生物功能,如有丝分裂或嘌呤代谢等;

  • 细胞组件本体论:亚细胞结构、位置和大分子复合物,如核仁、端粒和识别起始的复合物等;

GO工作,基本来说,可分为三个不同的部分:第一,给予和维持定义;第二,将位于不同数据库中的本体论语言、基因和基因产物进行联系,形成网络;第三,发展相关工具,使本体论的标准语言的产生和维持更为便捷。

术语形式

GO 定义的术语有着直接非循环式(directed acyclic graphs (DAGs)的特点,而并非是传统的等级制定义方式(随着代数增加,下一级比上一级更为具体)。举个例子来说,生物学途径中有一个定义是己糖合成,它的上 一级为己糖代谢和单糖合成。当某个基因被注解为“己糖合成活性”后,它自动地获得了己糖代谢和单糖合成地注解。因为在GO中,每个术语必须遵循“真途径 “法则,即如果下一代的术语可以用于描述此基因产物,其上一代术语也可以适用。

数据格式

GO的所有数据都是免费获得的。GO数据有三种格式:flat(每日更新)、XML(每月更新)和MySQL(每月更新)。 这些数据格式都可以在GO ftp的站点上下载。XML 和 MySQL 文件是被储存于独立的GO数据库中。如果需要找到与某一个GO术语相关的基因或基因产物,可以找到一个相应表格,搜寻到这种注解的编号,并且可以链接到与之对应的位于不同数据库的基因相关文件。

注释

GO中的术语如何和相对应的基因产物相联系的呢?这是由参与合作的数据库来完成的,它们使用GO的定义方法,对它们所包含的基因产物进行注解,并且 提供支持这种注解的参考和证据。每个基因或基因产物都会有一个列表,列出与之相关的GO术语。每个数据库都会给出这些基因产物和GO术语的联系数据库,并 且也可以在GO的ftp站点上和WEB方式查询到。并且,GO联合会提供了简化的本体论术语(GO slim),这样,可以在更高级的层面上研究基因组的功能。比如,粗略地估计哪一部分的基因组与信号传导、代谢合成或复制有关。

一个基因产物可以被一种本体论定义的多种分支或多种水平注释。注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能,生物途径,定位等,而并不包括其在突变或病理状 态下的情况。GO联合会的各个数据库成员采用手动或自动的方式生成注释,这两种方式共有的原理是:一.所有的注释都需要有来源,可以是文字、另一个数据库 或是计算机分析结果;二.注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据。【福利】GO注释-北大公开课视频:

GO分析相关工具汇总

1.GO委员会工具AmiGOOBO-Edit

2.非GO委员会工具CGAP GO BrowserCOBrAComparative Toxicogenomics DatabaseDynGOEP GO BrowserGene Class ExpressionGeneInfoVizGeneOntology at RZPDGenNavGObletGoFishGONUTSMGI GO BrowserOntology Lookup ServicePANDORAQuickGO at EBITAIR Keyword BrowserTk-GO

3.注释工具grofilerGeneToolsGOannaGoAnnotatorGOCatGoFigureGoPubMedGOtchaHT-GO-FATInGOtInterProScanJAFAManateePubSearch

4.用于基因表达/芯片分析的工具AvadisBiNGOCLENCHDAVIDEASEeGOnv2.0ermineJFatiGOFIVAFuncAssociateFuncExpressionFunClusterFunNetGSESAMEGARBANGENECODISGeneMergeGFINDerGOALIEGOArrayGOdist GOHyperGAllGoMiner and MatchMinerGOstatGoSurfer GO Term FinderGOTMGOToolBoxL2LMachaon Clustering and Validation EnvironmentMAPPFinderOnto-CompareOnto-DesignOnto-ExpressOnto-MinerOnto-TranslateOntoGateOntologizerOntology TraverserProbeExplorerProfComSeqExpressSerbGOSOURCESpotfire Gene Ontology Advantage ApplicationSTEMT-ProfilerTHEA

5.其它工具APID;Blast2GO;Db for Dummies;Flash GViewer;FunSpec;FuSSiMeG;Generic GO Term Mapper;Genes2Diseases;GO Slim Mapper;GO Terms Classification Counter;GOBU;GOChase;GOProfiler;GORetriever;GOSlimViewer;ProteInOn;TXTGate;Wandora;WEGO;Whatizit。

【详细内容,后台回复GO,即可获得链接】

生信菜鸟团博客相关资源

我们的博客(http://www.bio-info-trainee.com/),有很多GO相关的学习资料,这里简单举几例。如果你还想搜索其他的,请去我们博客的搜索栏检索。

1.下载最新版GO,并且解析好

http://www.bio-info-trainee.com/1211.html

2.用R画GO注释二级分类统计图

http://www.bio-info-trainee.com/771.html

3.转录组-GO和KEGG富集的R包clusterProfiler

http://www.bio-info-trainee.com/370.html

4.转录组-GO通路富集-WEGO网站使用

http://www.bio-info-trainee.com/359.html


参考资料

1.云之南博客:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420128289474633/

2.郑俊娟科学网博客:http://blog.sciencenet.cn/blog-1271266-803860.html

2.生信菜鸟团博客:http://www.bio-info-trainee.com/

点击阅读原文,可获得关于Gene Ontology的更多介绍,不过相关学习资源仅本文才有哦。还有更多文章,请移步公众号阅读

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